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公司的研發項目通常包含有研發歷程與未來方向(roadmap)、研發的技術、研發的產品或甚至有營業的規劃、產業供應鏈、或價格模式(cost model)等,這些資訊具有非可為一般人所知、具有潛在經濟利益,若採取適當的保密措施,則這些資訊即為營業秘密,即受營業秘密所保護。專利的保護和營業秘密的保護有其衝突存在,所以一般來講專利和營業秘密兩者之內只能選擇一種來作為智慧財產權的保護方式。就常見的判斷法則來說,因專利保護程序較複雜,故以營業秘密保護為原則,專利保護為例外,當以營業秘密保護不完整時,即採用專利保護。例如,產品進行創新改良,而改良部分會在市面上流通販賣,亦或是改良的重要元件會委外製造,要求委外製造廠商配合不洩漏營業秘密是不可行或是成本會大量增加,則此部分建議使用申請專利來保護。